太湖湖泊生态系统研究站(简称“太湖站”),主站区位于江苏省无锡市太湖的梅梁湾东岸(31°24′N,120°13′E),在东太湖岸边设有苏州分部(31°02′N,120°25′E)。上世纪80年代中期,为了便于对以太湖为代表的大型浅水湖泊进行长期、系统和稳定的野外定位观测试验及研究,中国科学院南京地理与湖泊研究所在宜兴湖泊综合试验站、东太湖水体农业试验站的基础上,于1986年3月申请建立“太湖湖泊生态系统研究站”,同年9月获中国科学院批准筹建,并于1988年正式运行,首任站长为濮培民研究员。此后,蔡启铭研究员、陈伟民研究员、胡维平研究员、秦伯强研究员先后担任太湖站站长或主持工作副站长。自2007年10月以来至今,秦伯强研究员一直担任站长。
在屠清瑛所长、濮培民副所长等老一辈科学家的积极努力下,太湖站于1988年成立之初,就加入了中国科学院中国生态系统研究网络(CERN)。2001年首批进入国家野外科学观测试验站序列,2005年加入全球湖泊生态观测网络(Global Lake Ecosystem Observatory Network, GLEON)。2006年8月,太湖站正式通过了科技部组织的国家野外科学观测站遴选评估(国科发基字〔2006〕451号)。此后,在CERN(2006-2010年度)以及(2011-2015年度)两次五年综合评估中荣获优秀生态站,在2018年科技部组织的国家站运行评估中也获得优秀(国科发基[2019]218号文)。